La principal ventaja medioambiental del biodiésel es que las emisiones de dióxido de carbono que genera al ser quemado se compensan con el CO2 que captó durante su desarrollo la planta oleaginosa que, a su vez, proporcionó el aceite que sirvió de materia prima.

Otra ventaja del biodiésel es que evita las emisiones de óxido de azufre (causante de la lluvia ácida), sulfatos y micropartículas, al tiempo que resulta menos tóxico para el ser humano (ausencia del cancerígeno benceno) y el entorno (en caso de derrame, se biodegrada en 120 días).

También es más seguro de almacenar (su punto de inflamación es de 120º centígrados, en lugar de los 55º del gasóleo). Igualmente tiene mayor efecto lubrificador sobre el motor.

El biodiésel vale lo mismo que el gasóleo convencional, pues está exento de impuestos -ya que su coste de producción es todavía mucho más alto con respecto a los hidrocarburos derivados del petróleo-, pero la desconfianza de los automovilistas sigue presente, reforzada por el hecho de que muchos manuales de coche desaconsejan el empleo de ese combustible.

La Organización de Consumidores y Usuarios (OCU) recomienda al conductor que se asegure de que su vehículo cumple la especificación EN14214 a la hora de echarle una mezcla de gasóleo y biodiésel. También es posible que se tenga que cambiar el filtro de combustible. En modelos anteriores a 1995 no conviene emplearlo.

El biodiésel puro (también llamado B100) tiene un poder calorífico un 10% inferior al del gasóleo, por lo que, según aumenta su proporción en la mezcla, la eficiencia disminuye. La proporción óptima, según los expertos, es la del 20% (B20).

Además, su mayor densidad puede causar problemas en los actuales sistemas de bombeo e inyección de los motores y, a bajas temperaturas, plantea problemas de solidificación: la mezcla cristaliza a partir de -10º centígrados, mientras que el gasóleo puro lo hace a -20º.

La OCU considera que los fabricantes de coches deben adaptar los motores para trabajar con los valores de densidad y cristalización derivados de las mezclas con biodiésel marcadas por la legislación, que para este año fija la presencia de un 7,5% de este ecocarburante en las cantidades de gasóleo genérico suministradas por las gasolineras.